L'institution est administrée par un conseil d'administration composé de 30 membres titulaires comprenant pour moitié des représentants des entreprises participantes et pour moitié des représentants des bénéficiaires.
Les administrateurs, nommés par arrêté du ministre chargé des transports, sont :
- pour le collège des entreprises participantes, désignés conjointement par le MEDEF, la CGPME et l'UPA sur proposition des organisations professionnelles compétentes ;
- pour le collège des bénéficiaires, désignés par les organisations syndicales représentatives au plan national et au plan professionnel. Les sièges sont répartis de la manière suivante :
- CFDT : 4 sièges ;
- CFE-CGC : 1 siège ;
- CGT : 4 sièges ;
- CFTC : 1 siège ;
- CGT-FO : 4 sièges ;
- FNCR : 1 siège.
Cette répartition repose sur les derniers résultats connus aux élections professionnelles aux comités d'entreprise. Elle sera revue à chaque renouvellement du mandat des administrateurs.
Chacun des deux collèges comprend obligatoirement au moins un représentant des chemins de fer secondaires d'intérêt général, d'intérêt local et des tramways et un représentant des transports publics sur route de voyageurs.
Les administrateurs titulaires sont assistés de 6 membres suppléants dans chaque collège, à raison pour le collège des participants d'un membre par organisation syndicale.
Les membres suppléants, nommés par arrêté du ministre chargé des transports, sont :
- pour le collège des entreprises participantes, désignés conjointement par le MEDEF, la CGPME et l'UPA sur proposition des organisations professionnelles compétentes ;
- pour le collège des bénéficiaires, désignés par les organisations syndicales représentatives au plan national et au plan professionnel.
Le nombre d'administrateurs ayant dépassé l'âge de 70 ans au moment de l'entrée en fonctions ne peut être supérieur, dans chacun des deux collèges, au tiers des administrateurs en exercice.
La durée du mandat est fixée à 6 ans.