L'institution est administrée par un conseil d'administration composé de 30 membres titulaires :
- 15 membres représentant les entreprises adhérentes désignés par les organisations professionnelles d'employeurs ;
- 15 membres représentant les participants désignés par les organisations syndicales représentatives. Les sièges sont répartis de la manière suivante :
- CFDT : 4 sièges ;
- CFE-CGC : 1 siège ;
- CGT : 4 sièges ;
- CFTC : 1 siège ;
- CGT-FO : 4 sièges ;
- FNCR : 1 siège.
Cette répartition repose sur les derniers résultats connus aux élections professionnelles aux comités d'entreprise. Elle sera revue à chaque renouvellement du mandat des administrateurs.
Chacun des deux collèges comprend obligatoirement au moins un représentant des chemins de fer secondaires d'intérêt général, d'intérêt local et des tramways et un représentant des transports publics sur route de voyageurs.
Les administrateurs titulaires sont assistés de 12 membres suppléants :
- 6 membres au titre du collège des adhérents désignés par les organisations professionnelles d'employeurs ;
- 6 membres au titre du collège des participants, à raison d'un membre désigné par chaque organisation syndicale représentative.
Le nombre d'administrateurs ayant dépassé l'âge de 70 ans au moment de l'entrée en fonctions ne peut être supérieur, dans chacun des deux collèges, au tiers des administrateurs en exercice.
La durée du mandat est fixée à 6 ans.