Les frais de tenue du registre et des comptes administratifs des bénéficiaires sont à la charge des entreprises. Ces frais leur sont facturés, indépendamment du forfait de mise en place, à raison du nombre de leurs salariés qui sont adhérents au PEI.
En cas de départ du salarié de l'entreprise et à l'expiration du délai de 1 an après la mise en disponibilité des droits acquis par les salariés qui l'ont quittée, y compris les retraités et préretraités, ces frais cessent d'être à la charge de l'employeur pour être supportés par le bénéficiaire concerné par prélèvement sur ses avoirs.
En cas de liquidation d'une entreprise, les frais de tenue de compte dus postérieurement à la liquidation sont mis à la charge des salariés.