Depuis sa création, le Faf propreté est une association loi 1901, gérée paritairement, qui met en œuvre la politique de la branche définie par les partenaires sociaux. Lors de l'accord formation du 25 octobre 2004, les partenaires sociaux ont souhaité créer une filière de CQP ainsi que la mise en place d'un organisme certificateur.
Afin de garantir l'homogénéité des évaluations et de délivrance des certificats, mais aussi de permettre leur accès à d'autres publics que les salariés des entreprises de propreté, les partenaires sociaux, dans le cadre de leur récent accord du 4 novembre 2010 relatif à la formation, et en conformité avec la loi du 24 novembre 2009, mettent en place un système nouveau et ouvert, en distinguant la mise en œuvre des opérations de formation des opérations de certifications, par la création d'une nouvelle association loi 1901 : l'organisme certificateur de la branche. Il est placé sous le pilotage de la CPNEFP.
Ainsi, l'OPCA de branche et l'organisme certificateur de la propreté constituent les deux opérateurs clés de la branche visant la mise en œuvre de sa politique de développement de la formation et de la certification professionnelle.