L'ANFA est administrée par un conseil de gestion (ci-après dénommé « le conseil ») composé de 30 membres dûment mandatés à cet effet par les organisations d'employeurs et de salariés représentatives dans la branche des services de l'automobile.
Le conseil de gestion est réparti en 2 collèges, de la façon suivante :
Collège patronal
Collège salarial
CNPA
11 sièges
CFDT
3 sièges
FNA
2 sièges
CFE-CGC
3 sièges
ASAV
2 sièges
CFTC
3 sièges
CGT
3 sièges
FO
3 sièges