Les deux années de formation supérieure agronomique générale sont complétées par une année de spécialisation à l'issue de laquelle les élèves peuvent recevoir le diplôme d'agronomie approfondie et le diplôme d'ingénieur agronome portant mention obligatoire de l'école d'origine.
Ces deux diplômes sont délivrés par l'école dans des conditions fixées par arrêté des ministres intéressés après avis de la commission consultative permanente.
Un ou plusieurs professeurs des unités d'enseignement et de recherche désignés en accord avec les directeurs de ces unités participent aux délibérations des jurys ou conseils de professeurs chargés de proposer la collation des diplômes d'agronomie générale et d'agronomie approfondie.