Le contrôle par la fédération est effectué sur pièces ou sur place, avec ou sans préavis. Les institutions font l'objet d'un contrôle sur place au moins une fois tous les cinq ans. La mise en oeuvre de la procédure de signalement prévue à l'article R. 922-58 est immédiatement suivie d'un contrôle sur place.
En cas de contrôle sur place, un rapport est obligatoirement établi. Il est communiqué au conseil d'administration de l'institution de retraite complémentaire, qui transmet ses observations et réponses à la fédération. Le conseil d'administration de la fédération, ou par délégation son directeur, arrête les mesures éventuellement nécessaires, qui peuvent être assorties d'un échéancier. Ces décisions s'imposent à l'institution. Les personnes appartenant au corps de contrôle de la fédération ont accès à toutes les informations utiles à la bonne exécution de leur mission.
Les rapports de contrôle sont communiqués aux commissaires aux comptes de l'institution et aux commissaires aux comptes de la fédération chargés de la certification des comptes combinés.