Les opérations du fonds national de garantie des calamités agricoles sont retracées tant en recettes qu'en dépenses dans une comptabilité distincte tenue par la caisse centrale de réassurance.
Un arrêté du ministre chargé de l'économie et des finances détermine la liste et la forme des comptes retraçant ces opérations, ainsi que la manière dont leurs résultats sont centralisés.