Des arrêtés du ministre chargé de l'environnement déterminent les modalités d'application de la présente sous-section. Ils définissent notamment les différentes catégories de masses d'eau ainsi que les méthodes et critères servant à caractériser les différents états écologiques et chimiques ou les potentiels écologiques pour chacune de ces catégories et fixent la liste des polluants à prendre en compte et les normes de qualité environnementale correspondantes.
Ils précisent les modalités de représentation cartographique de l'état écologique, du potentiel écologique et de l'état chimique des eaux, ainsi que le contenu des cartes et documents à joindre au schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux.