Les exploitants de moulins tiennent, pour chaque établissement, une comptabilité matières, selon des modalités précisées par un arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et du budget.
La comptabilité matières ainsi que les pièces justificatives relatives aux inscriptions faites sur ces documents, aux introductions et aux sorties de blés dans les établissements et à leur destination sont conservées pendant six ans, conformément à l'article L. 102 B du livre des procédures fiscales, et tenues, sur place, à la disposition des agents habilités à procéder à leur contrôle.