Les fonctionnaires affectés dans l'établissement ainsi que les agents contractuels de l'établissement ont vocation à exercer leurs fonctions au siège ou au sein des services déconcentrés mis à disposition de l'établissement par le représentant de l'Etat dans la région.
Sur proposition du préfet, représentant territorial, le directeur général de l'établissement procède à la notation des agents de l'établissement affectés au sein des services déconcentrés de l'Etat mis à disposition de l'établissement pour l'exécution des missions relevant de celui-ci.