L'organisme certificateur vérifie la procédure de contrôle interne mise en place par la structure collective, conformément au plan de contrôle.
Si l'organisme certificateur constate un manquement grave dans l'application de la procédure de contrôle interne, la certification de l'ensemble des exploitants n'est pas délivrée.
L'organisme certificateur procède, par échantillonnage, à l'évaluation des exploitations identifiées par la structure collective, conformément au plan de contrôle. Le responsable de l'exploitation donne accès à l'exploitation et aux documents nécessaires aux personnes chargées de l'évaluation par l'organisme certificateur.