Les frais d'instruction et de contrôle des dossiers d'indemnisation peuvent être supportés par le Fonds national de gestion des risques en agriculture dans les conditions fixées par arrêté du ministre en charge de l'agriculture et du ministre en charge du budget.
Les membres non fonctionnaires du comité sont remboursés de leurs frais de déplacement sur la base des tarifs applicables aux agents de la fonction publique.