La caisse est administrée par un conseil d'administration composé de six représentants de l'Etat, de trois représentants de l'Union sociale pour l'habitat regroupant les fédérations d'organismes d'habitations à loyer modéré, d'un représentant de la fédération des entreprises publiques locales et d'un représentant des fédérations des organismes agréés en application de l'article L. 365-2, ainsi que d'une personnalité qualifiée, désignée par le ministre chargé du logement, après avis des représentants des organismes d'habitations à loyer modéré, à raison de ses compétences dans le domaine du logement.
Une fois par an, les représentants des collectivités territoriales compétentes en matière d'habitat sont associés, avec voix consultative, aux délibérations qui fixent les orientations et priorités de la caisse pour l'exercice suivant.
Le conseil d'administration élit en son sein un président parmi les représentants des organismes d'habitations à loyer modéré.