L'agrément peut être refusé si les renseignements fournis par l'opérateur sont erronés ou si le système documentaire relatif à la traçabilité décrit dans la demande ne paraît pas donner une assurance suffisante de la maîtrise par l'opérateur des mentions de cépage ou de millésime inscrites sur l'étiquetage et dans la désignation du vin.
Le refus d'agrément est prononcé par une décision motivée du directeur général de l'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer), après que l'opérateur a été mis à même de produire ses observations dans les conditions prévues aux articles L. 121-1, L. 121-2 et L. 122-1 du code des relations entre le public et l'administration.