Le comité directeur élit son président parmi ses membres. Cette élection a lieu au scrutin secret.
En cas de partage égal des voix lors de l'élection du président, le ministre chargé de l'agriculture procède dans le délai d'un mois à la désignation du président du comité directeur.
Le président élu par le comité directeur représente le Haut Conseil de la coopération agricole dans tous les actes de la vie civile et este en justice en son nom.