Le président et les vice-présidents perçoivent une indemnité à caractère forfaitaire et mensuel, fixée par arrêté du Premier ministre.
Le Haut Conseil peut faire appel à des collaborateurs, appartenant ou non à l'administration. Ceux-ci peuvent bénéficier d'indemnités, dont le montant est fixé par le président du Haut Conseil en fonction du temps nécessaire à la préparation de l'étude qui leur aura été confiée ainsi que de sa complexité, dans la limite d'un montant maximal fixé par arrêté du Premier ministre.
Les frais de déplacement et de séjour des membres du Haut Conseil ainsi que des personnes invitées à participer à ses travaux sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.