Les organismes certificateurs évaluent et contrôlent le respect du référentiel de l'écolabel des produits de la pêche maritime au niveau de la chaîne de commercialisation sur la base des modalités d'évaluation des critères définies dans une grille de contrôle élaborée en collaboration avec l'opérateur ou le groupement d'opérateurs et conforme au plan de contrôle cadre.
Leur évaluation porte notamment sur la fréquence et la qualité des autocontrôles effectués par le ou les opérateurs.
Le contrôle est mis en œuvre sur les principaux points du transfert du produit concernant le ou les opérateurs de la chaîne de commercialisation. A chacun de ces points, tous les produits de la pêche certifiés doivent être identifiés ou séparés des produits de la pêche non certifiés.