Le directeur général est chargé de l'administration de l'établissement. Il prépare et exécute les décisions du conseil d'administration dans des conditions fixées par décret en Conseil d'Etat.
Le directeur général est nommé sur proposition du président par le conseil d'administration et après avis motivé du préfet de région, pour un mandat de cinq ans renouvelable et révocable.