Le préfet peut confier, par voie de convention, à un organisme agréé en application de l'article R. 313-18, le soin de vérifier le contenu du dossier de demande.
L'instruction du plan d'investissements est menée sous l'autorité du préfet et comporte la consultation de l'établissement de crédit ou de la société de financement sollicité pour l'octroi des prêts spéciaux de modernisation.
Après avoir recueilli l'avis de la commission départementale d'orientation de l'agriculture, le préfet se prononce sur l'agrément du plan, au vu du rapport d'instruction.