Le Conseil constitue les groupes de travail permanents ou temporaires qu'il juge nécessaires à la bonne marche de ses travaux.
Les modalités de fonctionnement du conseil, notamment les règles de quorum, et de publication des conclusions de ses travaux sont précisées par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture, de la santé, de l'environnement et de la consommation.