L'Etat peut confier, par voie de convention, à l'Agence de services et de paiement la gestion des opérations administratives et logistiques nécessaires à la délivrance des certificats et diplômes sanitaires ainsi que le paiement des dépenses afférentes à cette délivrance, au titre desquelles figure notamment la rémunération des jurys.
Cette convention précise le champ des certificats et diplômes sanitaires et la nature des opérations entrant dans la mission de l'agence ainsi que le mode de traitement et de suivi des opérations. Elle prévoit les dispositions financières relatives au versement par l'Etat des crédits nécessaires à la bonne réalisation de ces opérations et au paiement des dépenses, au recouvrement et à la remise gracieuse des éventuels indus résultant des paiements ainsi que la nature des pièces justificatives comptables et les modalités de leur transmission et de reddition annuelle des comptes.