Le secrétariat de la commission est assuré par les services du conseil départemental.
Sauf dans le cas où la commission a le statut d'association, son fonctionnement et la préparation de son budget sont assurés par ces services, sous l'autorité du président du conseil départemental.
Une convention entre le ou les départements, l'Etat et les autres collectivités territoriales intéressées ou leurs groupements définit les modalités de financement des travaux de la commission. Cette convention fixe les modalités selon lesquelles le secrétariat et, le cas échéant, la gestion de la commission, lorsque celle-ci n'a pas le statut d'association, sont confiés à une autre des collectivités intéressées, dans le cas où ceux-ci ne sont pas assurés par le conseil départemental.