Chaque centre est dirigé par un directeur nommé par arrêté du ministre chargé de l'éducation dans des conditions fixées par le décret n° 2017-120 du 1er février 2017 portant dispositions statutaires relatives aux psychologues de l'éducation nationale.
Les centres sont placés sous l'autorité du directeur académique des services de l'éducation nationale agissant sur délégation du recteur d'académie.