Les membres des conseils et des commissions ainsi que les présidents et les membres des comités de l'établissement exercent leurs fonctions à titre gratuit. Leurs frais de déplacement et de séjour sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.
Les présidents et, le cas échéant, les vice-présidents des conseils et commissions perçoivent une indemnité de fonction dont le montant est fixé conjointement par les ministres chargés de l'agriculture et du budget.