Le président du conseil permanent est choisi parmi les professionnels des secteurs de la production, de la transformation et du négoce et nommé pour une durée de cinq ans.
Il est assisté de deux vice-présidents désignés en son sein par le conseil permanent pour une durée de cinq ans. Le vice-président le plus âgé remplace le président en cas d'empêchement et assure son intérim.
Dans le cadre des règles définies par le conseil permanent, le président de ce conseil a qualité pour représenter l'institut dans tous les actes de la vie civile, prendre toute décision concernant les actions judiciaires menées par l'institut et conclure des transactions dans tous les litiges auxquels l'institut est partie.
Il peut, dans les conditions définies par le conseil permanent, déléguer ces attributions au directeur.