La commission émet à la majorité des voix un avis motivé. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
En cas d'avis défavorable, la commission peut proposer au ministre chargé de la santé de prolonger le parcours de consolidation des compétences. Dans ce cas, le directeur général du Centre national de gestion, au nom du ministre chargé de la santé, peut prendre une nouvelle décision d'affectation pour la durée proposée par la commission d'autorisation d'exercice.