Outre le dossier technique mentionné à l'article R. 533-26 du code de l'environnement, la demande d'autorisation de mise sur le marché comprend un dossier démontrant l'efficacité et l'absence d'effet nocif du produit dans les conditions d'emploi prescrites ou normales. Le contenu de ce dossier est précisé par un arrêté du ministre chargé de l'agriculture pris sur proposition du directeur général de l'Agence.
Lorsque le dossier est complet, l'Agence transmet la demande et la synthèse du dossier à la Commission européenne et, le cas échéant, la demande relative au caractère confidentiel de certaines informations figurant dans la demande d'autorisation.
L'agence procède, en parallèle, à l'instruction de la demande. Elle transmet son avis au ministre chargé de l'environnement. Le directeur général de l'Agence établit le rapport d'évaluation prévu à l'article R. 533-30 du code de l'environnement.