Le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie notifie à chaque caisse primaire d'assurance maladie et caisse générale de sécurité sociale le montant de la dotation annuelle dont elle dispose au titre de chacune des sections du fonds. Les opérations d'engagement, de liquidation et d'ordonnancement sont effectuées par le directeur de la caisse primaire ou générale de sécurité sociale.
Le paiement est effectué par le directeur comptable et financier de la caisse primaire d'assurance maladie ou de la caisse générale de sécurité sociale au vu des états liquidatifs transmis par son directeur.