La certification des services de santé au travail en agriculture prévue à l'article L. 4622-9-3 du code du travail et à l'article L. 717-3-1 du code rural et de la pêche maritime vise à garantir l'homogénéité, l'effectivité et la qualité des services qu'ils rendent ainsi que celles des processus qui s'y rapportent ou y contribuent.
Elle vise également à s'assurer que les activités du service de santé au travail en agriculture s'effectuent dans le respect de l'impartialité et de la confidentialité vis-à-vis des entreprises agricoles cotisantes, de leurs salariés et des non-salariés agricoles cotisants.
Elle est accessible, progressive et tient compte des capacités et des moyens des services de santé au travail en agriculture en vue d'atteindre un niveau élevé d'exigence.