L'agent comptable perçoit une indemnité de maniement de fonds fixée par arrêté du ministre chargé du budget dans les conditions prévues par le décret n° 2021-969 du 21 juillet 2021 relatif à l'indemnité de maniement de fonds.
Le cas échéant, il perçoit une indemnité pour rémunération de services fixée par arrêté du ministre chargé du budget dans les conditions prévues par le décret n° 88-132 du 4 février 1988 relatif à l'indemnité pour rémunération de services allouée aux agents comptables d'établissements publics nationaux, de comptes spéciaux du Trésor, de budgets annexes, d'établissements publics locaux d'enseignement et de formation professionnelle agricoles et d'écoles de formation maritime et aquacole (1).