L'agent comptable tient la comptabilité générale dans les conditions définies par le plan comptable applicable à l'établissement, approuvé par les ministres chargés du budget et de l'éducation nationale après avis du conseil de normalisation des comptes publics.
Lorsque l'agent comptable ne peut tenir lui-même la comptabilité matière, il en exerce le contrôle. Les instructions données à ce sujet au préposé doivent avoir recueilli l'accord de l'agent comptable, qui demande qu'il soit procédé à l'inventaire annuel des stocks.
En cas de perte, de destruction ou vol des justifications remises à l'agent comptable, le chef d'établissement pourvoit à leur remplacement en établissant un certificat.