Pour tous les organismes autres que ceux de la Mutualité sociale agricole, les pièces justificatives des opérations des gestions budgétaires, à l'exception de celles qui se rapportent aux gestions techniques, ainsi que les livres, registres et documents comptables sont conservés pendant cinq ans après la clôture des comptes de l'exercice, sous réserve des délais de prescription de droit commun applicables à certaines opérations particulières.
Une instruction particulière précise les modalités de conservation des pièces originales ainsi que la nature des supports à utiliser et notamment les microformes et l'archivage électronique, compte tenu de la nature des documents à archiver.