Les préfets de région déterminent, par arrêté, des sous-zones départementales. En zone de montagne, les sous-zones sont les zones de montagne, de montagne sèche, de haute montagne et de haute montagne sèche. En zone soumise à des contraintes spécifiques ou naturelles, les sous-zones sont les zones de piémont, de piémont sec, de zones défavorisées simples sèches, de zones défavorisées simples non sèches, de marais poitevin mouillé et de marais poitevin desséché. Pour chaque sous-zone, le préfet de région précise les modalités de calcul des montants des aides conformément à l'article D. 113-28.
Les surfaces situées hors de la région dans laquelle est situé le siège d'exploitation sont éligibles aux aides conformément aux règles relatives aux zones défavorisées retenues par l'arrêté préfectoral de la région où elles sont situées.