Les pièces nécessaires à l'instruction des dossiers visés aux articles D. 331-6 et D. 331-7 sont transmises au représentant de l'Etat sous forme dématérialisée via le système national mentionné à l'article D. 331-111. Le maître d'ouvrage a accès en continu au suivi du traitement de sa demande de décision favorable.
Des mesures de protection sont prises pour assurer la sécurité de transmission et l'opposabilité des pièces au représentant de l'Etat dans le département, aux maîtres d'ouvrage et aux financeurs des opérations, notamment à la société mentionnée à l'article L. 313-19, à la Caisse des dépôts et consignations, aux collectivités territoriales et à leurs groupements.