L'agent comptable est nommé par le préfet compétent, après avis du directeur départemental des finances publiques.
Par dérogation aux dispositions de l'article 3 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, les établissements publics mentionnés au premier alinéa de l'article R. 321-1 sont soumis aux dispositions des titres Ier et III de ce décret, à l'exception des 1° et 2° de l'article 175 et des articles 178 à 183,204 à 208,220 à 228 de ce même décret, ainsi qu'aux dispositions du décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat.
Il peut être institué au sein de ces établissements publics des régies de recettes et des régies d'avances dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux organismes publics publics.
Ces établissements publics sont soumis aux dispositions du décret n° 53-707 du 9 août 1953 relatif au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales et certains organismes ayant un objet d'ordre économique ou social.