L'instruction et la procédure devant le comité de règlement des différends commerciaux agricoles sont contradictoires. Chaque partie peut être assistée ou représentée par toute personne de son choix.
Le comité délibère à la majorité des membres présents. Il ne peut délibérer que si quatre au moins de ses membres, titulaires ou suppléants, sont présents et si les quatre catégories de membres mentionnées au II de l'article L. 631-28-1 sont représentées. Il délibère hors la présence du rapporteur. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Les débats devant le comité ont lieu en séance publique après lecture du rapport par le rapporteur. Toutefois, le huis clos est de droit si l'une des parties le demande. Le président du comité peut également décider que la séance a lieu ou se poursuit hors la présence du public, si la préservation du secret des affaires l'exige.
Le comité se prononce dans un délai d'un mois à compter de la date de la saisine. Le délai peut être porté à deux mois si la production de documents est demandée à l'une ou l'autre des parties. Ce délai de deux mois peut être prorogé sous réserve de l'accord de la partie qui a saisi le comité.