Les représentants à la CPNEFP nomment un président et un vice-président appartenant chacun à un collège différent.
Le président et le vice-président sont choisis par leur collège respectif parmi les représentants à la CPNEFP.
La présidence de la CPNEFP est assurée alternativement par le collège « employeur » et par le collège « salarié » tous les 2 ans.