Le secrétariat de la CPNEFP est assuré par l'organisation professionnelle d'employeurs la plus représentative.
Le rôle du secrétariat consiste à effectuer les tâches administratives liées au bon fonctionnement et à la bonne tenue des réunions de la CPNEFP. Il assure à ce titre l'interface administrative avec l'ensemble des membres de la CPNEFP.