Chaque entreprise prend à sa charge les frais de tenue de comptes individuels des bénéficiaires.
Les frais sont facturés par le teneur de comptes aux entreprises à raison du nombre de bénéficiaires au PEI.
Ces frais cessent d'être à la charge de l'entreprise à l'expiration du délai d'un an après le départ des bénéficiaires de l'entreprise, à l'exception des retraités et préretraités visés à l'article 3 ; ces frais incombent, dès lors, aux porteurs de parts concernés, par prélèvement sur leurs avoirs.
Les teneurs de compte sont Amundi TC et Natixis Interépargne.