Le secrétaire général de la commission est nommé, après consultation du président de la commission, par arrêté du Premier ministre pour une durée de trois ans renouvelable une fois.
Le secrétaire général est chargé notamment des questions administratives et financières et dirige les travaux du secrétariat prévu à l'article 8.
Il participe à ce titre aux travaux et aux réunions de la commission sans voix délibérative.