Une commission nationale de contrôle, composée de trois membres nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, a compétence sur l'ensemble des opérations de vote traitées par le système informatique centralisé.
Cette commission s'assure notamment :
1° De la mise en œuvre des dispositifs de sécurité prévus pour garantir le secret du vote et son intégrité ;
2° De la confidentialité du fichier des électeurs comportant les éléments permettant leur identification et du chiffrement du contenu de l'urne électronique ;
3° De la conservation des différents supports d'information et des conditions de sécurité et de confidentialité des données pendant et après le scrutin.
Elle vérifie la qualité des personnes autorisées à accéder à chacun des traitements automatisés.
Elle peut procéder à des vérifications de la régularité du vote sur l'ensemble du territoire.