Le directeur de la fondation est désigné par le président après avis du conseil d'administration. Il est mis fin à ses fonctions dans les mêmes conditions.
Le directeur est compétent pour régler les affaires de la fondation autres que celles qui sont énumérées à l'article R. 6141-58. Il prépare et met en œuvre les délibérations du conseil d'administration. Il dirige les services de la fondation.
Les fonctions de directeur et de membre du conseil d'administration sont incompatibles.
Les fonctions de directeur et de directeur d'un établissement public de santé sont incompatibles.