Le conseil règle par ses délibérations la vie du Comité national de la conchyliculture. Il se réunit sur convocation du président du comité, qui en fixe l'ordre du jour.
Le conseil est également convoqué soit à la demande du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, soit à la demande de la majorité de ses membres. L'ordre du jour de la réunion comporte alors prioritairement les questions pour lesquelles elle a été convoquée.
Le conseil ne délibère valablement que si la moitié de ses membres est présente ou représentée. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil se réunit de droit dans un délai d'au moins deux semaines après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour et spécifiant qu'aucun quorum ne sera exigé. Les délibérations sont alors adoptées à la majorité des membres présents.
Le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine est informé de toutes les réunions, auxquelles il peut participer ou se faire représenter, et dont les projets de délibérations ainsi que les délibérations votées lui sont transmis.