L'agent comptable de la Caisse nationale de l'assurance maladie est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale pris après avis conforme du directeur général. Il est placé sous l'autorité administrative de celui-ci.
Conformément aux dispositions de l'article R. 114-6-1, il présente au conseil, avec le directeur général, les comptes annuels et les comptes combinés.
Il établit les comptes des branches mentionnées aux 1° et 2° de l'article L. 200-2.
En cas de vacance d'emploi, d'absence momentanée ou d'empêchement de l'agent comptable, ses fonctions sont exercées par un agent de direction de l'établissement désigné à cet effet par l'agent comptable.