Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être instituées par le directeur général du Réseau Canopé dans les conditions prévues par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et régies d'avances des organismes publics.
Des secteurs d'activité de l'établissement peuvent être gérés sous la forme de services à comptabilité distincte ou de services particuliers disposant d'un budget annexe, sur proposition du conseil d'administration et après avis du ministre chargé du budget.