Sous l'autorité du recteur d'académie, le secrétaire général d'académie est chargé de l'administration de l'académie. Il supplée le recteur d'académie en cas d'absence ou d'empêchement de celui-ci.
En cas de vacance momentanée de l'emploi de recteur d'académie, le secrétaire général d'académie assure l'intérim. Toutefois, l'intérim du recteur de l'académie de Paris est assuré par le directeur de l'académie de Paris pour les questions mentionnées au premier alinéa de l'article R. 222-21.