La commission est instituée auprès du ministre en charge de la sécurité civile qui assume les frais de son fonctionnement et son secrétariat.
Le secrétariat de la commission est chargé notamment de communiquer le rapport prévu au I de l'article L. 125-1-1 à la Commission nationale consultative des catastrophes naturelles, au Parlement et au Conseil d'orientation pour la prévention des risques naturels majeurs mentionné à l'article L. 565-3 du code de l'environnement.