Chaque établissement est dirigé par un directeur d'école, recruté parmi les instituteurs ou professeurs des écoles déjà nommés en France sur un emploi de directeur d'école ou inscrits sur une liste départementale d'aptitude à cet emploi, établie conformément aux dispositions du décret n° 2023-777 du 14 août 2023 relatif aux directeurs d'école.
Le directeur d'école arrête annuellement l'organisation du service d'enseignement, après avis du conseil des maîtres. Il préside le conseil des maîtres, dont la composition et les compétences sont celles définies, pour cette instance, par la réglementation applicable en France aux écoles maternelles et élémentaires de l'enseignement public.
Il préside également le conseil d'école doté des compétences prévues, pour cet organe, par la réglementation applicable en France aux écoles maternelles et élémentaires de l'enseignement public.