Lorsque, dans les cas prévus par l'article R. 341-12, l'autorisation spéciale est délivrée par le ministre chargé des sites, le préfet lui transmet le dossier de demande dans un délai maximal de quatre mois à compter de la date de réception par le préfet du dossier complet, accompagné de l'avis de l'architecte des bâtiments de France ainsi que de l'avis de la commission départementale de la nature, des paysages et des sites, si elle s'est prononcée dans ce délai.
Le ministre, après avoir recueilli l'avis de la Commission supérieure des sites, perspectives et paysages, s'il le juge utile, statue dans un délai de six mois à compter de la date à laquelle le préfet a reçu le dossier complet. L'absence de décision à l'issue de ce délai vaut décision implicite de rejet.
Lorsqu'un projet de travaux, d'ouvrage ou d'aménagement doit faire l'objet d'une enquête publique en application de l'article L. 123-2 du présent code ou de l'article L. 110-1 du code de l'expropriation pour cause d'utilité publique, la commission départementale de la nature, des paysages et des sites est consultée préalablement à l'enquête et son avis est joint au dossier d'enquête prévu à l'article R. 123-8 du présent code ou aux articles R. 112-4 à R. 112-7 du code de l'expropriation pour cause d'utilité publique.